副主任科員是非領(lǐng)導職務(wù)，雖然不是實(shí)職，但也是科級干部。在新《公務(wù)員法》未實(shí)施之前，有兩種途徑可以成為副主任科員：一種是直接晉升，按組織規定，機關(guān)單位中可以有不超過(guò)二分之一的非領(lǐng)導職務(wù)，也就是說(shuō)，單位如果有3個(gè)領(lǐng)導職數，最多可以配備一名非領(lǐng)導職務(wù)，如果是4個(gè)領(lǐng)導職數，可以配備不超過(guò)2個(gè)非領(lǐng)導職務(wù)。非領(lǐng)導職務(wù)的級別，也不得超過(guò)單位級別。如果是縣區一級正科級機構，非領(lǐng)導職務(wù)可以是主任科員，也可以是副主任科員，但不能直接任命副處級以上職務(wù)，也就是任命調研員或者副調研員。

另一種辦法是2015年推行的縣以下公務(wù)員職務(wù)與職級并行制度，任科員超過(guò)12年，級別達到23級，可以享受副主任科員待遇。這種待遇只體現在工資福利上，不與職務(wù)直接掛鉤。也就是說(shuō)，通過(guò)職級并行享受更高級別非領(lǐng)導職務(wù)的人員，其實(shí)際職務(wù)級別并沒(méi)有發(fā)生改變，到退休的時(shí)候，還按晉升前的職級退休。職級并行套改非領(lǐng)導職務(wù)，只受條件限制，不受單位級別限制，比如縣區正科級機構，任正科滿(mǎn)15年、級別達到19級，可以晉升副處級待遇。

2019年6月1日新《公務(wù)員法》實(shí)施之后，非領(lǐng)導職務(wù)取消，再沒(méi)有副主任科員等職務(wù)概念，取而代之的是一至四級主任科員。職級并行政策也擴大到了所有的公務(wù)員序列和參公人員隊伍。無(wú)論是組織任命的副主任科員，還是通過(guò)職級并行獲得的副主任科員待遇，在新的職級并行政策中，一律套改為四級主任科員，按任職年限進(jìn)行晉升，最高可以晉升為二級主任科員。副科實(shí)職不參加套改，但晉升和副主任科員沒(méi)有什么區別，也是按任職年限從四級主任科員起算。同時(shí)有過(guò)副主任科員和副科實(shí)職兩種任職經(jīng)歷的，合并計算任職年限。